Super padouch Megamysl zvítězil nad svým neporazitelným nepřítelem, hrdinou Metromanem… jenže teď jeho život pozbývá smysl, protože nemá s kým bojovat. Když se ale ve městě objeví nový darebák… Megamysl je tím nejbrilantnějším super padouchem, jakého kdy svět poznal… a zároveň tím nejméně úspěšným. Během mnoha let se pokoušel dobýt Metro City snad všemi způsoby, jenže všechny jeho snahy vždy zmařil superhrdina Metroman. Až konečně nastal den, kdy ho Megamysl konečně porazil. Jenže teď město ohrožuje nový padouch a způsobený chaos se začíná vymykat kontrole. Stane se nakonec Megamysl hrdinou, který všechny zachrání?