Admirál Kirk je z hvězdné Akademie povolán zpět do služby. Projekt Genesis se vymkl kontrole a na jedné z opuštěných planet je navíc nalezena kolonie uprchlíků, mezi nimiž je i Kirkův dávný nepřítel Khan. Hodlá ukrást loď Reliant a vyřídit si s Kirkem účty… Hvězdná loď Federace Enterprise se účastní rutinních cvičných manévrů a admirál James T. Kirk (William Shatner) se, jak se zdáů smířil s faktem, že tato inspekce může být poslední vesmírnou misí jeho kariéry. Jenže Khan (Ricardo Montalban) se vrátil. Geneticky upravený „nadčlověk“ s megalomanskými sklony byl po porážce v eugenických válkách vyhnán na opuštěnou planetu Ceti Alpha 5. Přísahal pomstu kapitánu Kirkovi, kterého obviňuje ze svého vyhnanství i ze synovy smrti. Když se mu po letech naskytne možnost uprchnout, neváhá. S pomocí cizopasného tvora ovládajícího mysl získává brzy kontrolu nad celou lodí Reliant. Teď už Khanovi zbývá pouze jediná věc: přilákat Kirka a zabít ho. Jako nástroj své pomsty se chystá použít zbraň vpravdě ničivou – střelu „Genesis“.