Špionážní agentura IMF je uzavřena – byla údajně zapletena do teroristického spiknutí. Je zahájeno vyšetřování a vyhlášen ‚Ghost Protocol‘. Ethan Hunt a jeho tým se v utajení snaží očistit jméno organizace. Jsou odkázani jen sami na sebe… Ethan Hunt byl spolu se všemi ostatními členy odvolán z IMF – agentura byla obviněna z teroristického bombového útoku na Kreml a prezident vyhlásil ‚Ghost Protocol‘. Nemají žádné kontakty ani prostředky, přesto jsou rozhodnuti očistit jméno agentury a zabránit dalším útokům. A aby toho nebylo málo, Ethan je nucen spolupracovat s týmem kolegů, kteří jsou na útěku a jejichž pohnutky k operaci mu nejsou úplně jasné.